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废水中常见的致病微生物有细菌、病毒、立克次氏体、原生动物和真菌等五种，部分高于原生动物的微生物，如线虫也能致病。在生活污水及屠宰、生物制品、医院、制革、洗毛等相关工业废水中常含有这些能传染各种疾病的致病微生物。

　　污水中致病微生物等含量较多的情况下需要对污水进行单独的消毒处理，才能进行与其他污水一起的二级生化处理，预消毒可以减少消毒剂的试用量。因部分病原体在水中生长时间较长，其虫卵用常规的消毒方法很难灭活。

　　处理方法：

消毒杀菌的方法有氧化法，如加入二氧化氯、臭氧等，或者石灰处理、紫外线照射、加热处理、超声波等。

另外使用超滤设备处理也可以除去水中大多数的细菌。就细菌、病毒的去除而言，臭氧氧化、紫外线照射等方法效果虽然很好，但处理后的水中没有像余氯等的剩余消毒剂，无法防止微生物的再繁殖，通常需要进行二次加氯处理。